Model pendidikan bagi anak-anak pengungsi, sebagaimana yang dikembangkan di pesantren adalah pendidikan holistik.Penerapan sistem pendidikan yang diberikan kepada anak-anak pengungsi memiliki dampak positif, terutama dalam menormalisir keadaan jiwa sebagai akibat dari kontak sosial seperti trauma, shock culture, dan lain-lain.